本校は完全給食制です。管理栄養士と栄養教諭の指導のもと、栄養バランスがとれたランチが提供されます。アレルギー対応の特別メニューも用意されます。
2011年に完成した、山梨学院クッキングハウスは、本校と山梨学院幼稚園の給食施設です。専用のアレルギー室も完備され、安全であたたかく、美味しいランチを提供しています。